Родился в Москве в семье рабочих. В тринадцать лет он увлекся театром и начал заниматься в театральной студии при Дворце пионеров. В 1959 году Сергей Никоненко закончил десятый класс вечерней школы и после нескольких неудач в театральных вузах поступил на актерский факультет ВГИКа, на курс С. Герасимова и Т. Макаровой, где учился вместе с будущими звездами советского кино - Ларисой Лужиной, Галиной Польских, Евгением Жариковым, Николаем Губенко, Жанной Болотовой. На втором курсе он дебютировал в кино - сыграл в фильме Сергея Герасимова "Люди и звери", а первую заметную роль Никоненко исполнил в 1967 году в ленте "Журналист". В 1968 году он поступил на режиссерский факультет ВГИКа, и опять к Герасимову и Макаровой. Удачным оказался для Сергея Никоненко 1973 год, когда он поставил свой первый фильм, короткометражку "Петрухина фамилия", (причем написал для него сценарий и сам сыграл главную роль), который был удостоен международных кинопремий. В том же году актер исполнил одну из лучших своих ролей, Сергея Есенина, в фильме Сергея Урусевского "Пой песню, поэт". Из многих работ Сергея Никоненко - всего им сыграно более ста ролей - особо можно отметить несколько. В начале 1980-х годов вышли две картины: боевик-"истерн" Самвела Гаспарова "Шестой" и "милицейско-производственный" фильм "Инспектор ГАИ", в которых актер создал запоминающиеся образы. Хотя Никоненко в основном исполняет роли комедийные, на его счету образы Михаила Фрунзе в картине "Уполномоченный революцией", генерала Родимцева в "Сталинграде", маршала Ворошилова в "Пирах Валтасара". За главную роль в драматическом фильме "Завтра была война", поставленном режиссером Юрием Карой по повести Бориса Васильева, Сергей Никоненко был удостоен Золотой медали имени Довженко. Детальная картинка: